In die "staatlose" tyd na die dood van Ivan die Verskriklike, met die siek en swak Fjodor, het die bojare 'n openlike stryd om mag begin. Die sterkste van hulle was die voormalige oprichnik Godunov. Na die dood van Theodore het Patriarg Job 'n Zemsky Sobor bymekaar gemaak om 'n nuwe soewerein te kies. Die Raad van die Patriarg, die Boyar Duma en diensmense en verteenwoordigers van die kommersiële en industriële bevolking van Moskou het by hierdie katedraal vergader. Die mees waarskynlike kandidate was twee mense: die tsaar se swaer Boris Fyodorovich Godunov en die neef van tsaar Fjodor, die oudste seun van Nikita Romanovich - Fjodor Nikitich Romanov.
Die jare van Boris Godunov se bewind het op 'n moeilike tyd in die geskiedenis van die Russiese staat gekom. Dit was die tydperk van 1598 tot 1605. Trouens, die toekomstige tsaar was reeds aan bewind onder die siek seun van Ivan die Verskriklike, Fjodor.
Boris Godunov se bewind het dubbelsinnig begin. In Februarie 1598 het die Raad die troon aan Boris aangebied, maar hy het geweier. Ten einde hom in te stem, is 'n godsdienstige optog na die Maiden Convent georganiseer, waar Boris by sy suster gebly het. Die toekomstige koning was gedwing om in te stem om die troon te bestyg. Dus, die verkiesing van Godunov was gewild. Maar terselfdertyddaar is geglo dat hy in die geheim tot dreigemente en omkopery gebruik gemaak het om dit te bereik.
Boris is eers op 1 September met die koninkryk getroud, oortuig van die krag van die volksverkiesing. Die heerskappy van Boris Godunov oor sy hele lengte is met uiterste versigtigheid onderskei. Hy was bang vir pogings op sy mag, het alle bojare wat hom vermoed het, uitgeskakel. Sy werklike mededinger was net Fedor Nikitich Romanof, as gevolg waarvan al die Romanofs tereggestel is op aanklag van sameswering teen die soewerein. Die bojare het nie van die tsaar gehou nie en het hom as die opvolger van die Verskriklike beskou met sy vervolging van die adel.
Boris Godunov se bewind was 'n voortsetting van Fjodor se beleid, of liewer wat Godunov onder hom gedoen het. In elk geval het hy probeer om die mense se welstand te herstel, geskend in die era van Grozny. In buitelandse beleid het hy probeer om botsings te vermy, om van nuwe oorloë te weerhou. Hy het omgegee vir die versterking van geregtigheid, hy wou 'n goeie soewerein vir die mense wees. Hy het werklik baie voordele aan die gewone mense gegee. Drie jaar agtereenvolgens, vanaf 1601, was daar 'n oesmislukking, wat tot massiewe verhongeringsterftes gelei het. Boris het 'n gratis verspreiding van brood aan die hongeriges van die koninklike tesourie georganiseer, groot geboue in die hoofstad begin om mense inkomste te gee.
Die bewind van Boris Godunov het gepaard gegaan met hongersnood, roof, maar dit was nie sy skuld nie. Dit het egter bygedra tot die groei van ontevredenheid met die koning. Die hongersnood is gevolg deur’n tweede ongeluk –’n volksopstand vir die selfverklaarde Tsarewitsj Dmitri. Tydens hierdie stryd, BorisGodunov is onverwags dood (1605).
Godunov het groot belang geheg aan Europese onderwys. Die koning het met buitelandse spesialiste op die gebied van tegnologie en medisyne gekommunikeer, hulle gewillig na die staatsdiens geneem. Hy het jong mense na die buiteland gestuur, beplan om Moskou-skole op 'n vreemde manier te reël. Hy het 'n militêre afdeling van Duitsers volgens 'n buitelandse model gevorm. Onder Godunov was die Moskouse regering duidelik aangetrokke tot nouer kontak met die verligte Weste en die assimilasie van Europese kennis.
Die heerskappy van Boris Godunov word dus kortliks deur die meeste historici beskryf. Baie twyfel hoe wettig hy mag gekry het, en glo dat sy handewerk die moord was op die jongste seun van die Verskriklike, Tsarevich Dmitri, in Uglich.
